- Процесс генетической идентификации британского штамма занял примерно 5 дней. Дело в том, что процесс довольно трудоемкий и так как сама методика была разработана нами самостоятельно, вернее специфические праймеры для анализа, требовалась отработка каждого этапа тестирования.Мы получили 33 образца мазков из носоглотки пациентов больных COVID-19, подозрительных на наличие британского штамма. На первом этапе РНК коронавируса всех полученных образцов была переведена в ДНК форму, известно, что вирус РНКовый и для дальнейшей работы с ним нужно было получить его ДНК форму.
Второй – этап скрининга на одну, так называемую маркерную мутацию «британского штамма» при помощи Real Time PCR реакции – эту методику мы разработали сами и впервые применили для анализа реальных пациентов, одновременно проводили оптимизацию методики, пришлось сделать серию повторных экспериментов, чтобы убедиться в том, что мы не ошиблись. На этом этапе мы уже “выловили” подозрительный образец, но нужно было убедиться в том, что ряд других мутаций, свойственных британскому штамму, присутствуют в образце.
Далее мы провели пробоподготовку к секвенированию (определению ДНК последовательности генов) - для этого участки генома коронавируса размножаются в искусственных условиях, очищаются, подготавливаются для секвенирования. Этот процесс наиболее трудоемкий, так как требует ручной постановки серии реакций. Далее заранее обработанные и подготовленные фрагменты ДНК помещаются в аппарат – секвенатор для непосредственного генетического анализа.
Секвенирование проводили при помощи генетического анализатора SeqStudio (Applied Biosystems, USA) приобретенного центром буквально несколько месяцев назад, именно с целью определения генетических последовательностей коронавируса, первые результаты были нами опубликованы еще летом. Для выявления британского штамма целевыми участками были выбраны мутации в кодирующем регионе ORF1ab и мутации в S гене штамма вируса.
Тут нужно сказать, что мы провели не одну, а серию анализов для каждой мутации отдельно, с необходимыми согласно методики повторами, анализ делался впервые по дизайну, разработанному нашей командой. Важно было не ошибиться.
И последний этап - компьютерная обработка результатов, сравнение с последовательностями в международных базах данных. Только после того, как мы подтвердили ряд мутаций, указывающих на принадлежность к британскому штамму – мы передали информацию в Министерство здравоохранения.
06.05.2024, 15:25
По данным ВОЗ, во время пандемии коронавируса 75% пациентов принимали ненужные антибиотики.Эксперты организации проанализировали данные 450 тысяч пациентов, госпитализированных с коронавирусом с 2020 по 2023...06.03.2024, 16:40
У немецких медиков появилась возможность больше узнать об этом благодаря 62-летнему жителю Магдебурга, который за два с лишним года привился от коронавируса больше 200 раз, пишет Naked Science. О необычном случае гипервакцинации...09.02.2024, 15:57
Главный государственный санитарный врач Казахстана подписала постановление от 8 февраля 2024 года "Об усилении профилактических мер по предупреждению распространения инфекционных заболеваний, передающихся воздушно-капельным путем", сообщает...07.02.2024, 16:33
Представлен тизер художественного фильма «Pandemiya. Covid-19», созданного студией «Yagona Cinema» совместно с Агентством кинематографии при Министерстве культуры и Министерством здравоохранения. В фильме рассказывается о пандемии Covid-19...